常規鍋爐的燃燒系統可由司爐工直接控制，司爐工可根據生產的需要對燃燒進行調整。而進入余熱鍋爐的高溫煙氣的數量和溫度，取決于工藝生產過程，司爐工不能進行直接控制。工藝生產過程的變化將會引起余熱鍋爐生產的波動，給司爐工的操作帶來一定的困難。

高溫煙氣中灰分含量很高。進入余熱鍋爐的煙氣中不但有燃料中含有的灰分，還有工藝生產過程中進入煙氣中的灰分。例如，水泥回轉窯排出的高溫煙氣中含有很多灰分，催化裂化裝置再生器排出的高溫再生煙氣中含有較多的粉狀催化劑。煙氣中灰分含量高，不但對流受熱面的磨損加劇，而且因為受熱面積灰嚴重，需要經常除灰和定期停爐清掃，給生產帶來一定的困難。

有些高溫煙氣中含有較多的so2和so3,使得煙氣露點升高，受熱面的低溫腐蝕比較嚴重，檢修工作量增加。

大多數高溫煙氣的溫度在500~900℃之間。為了盡可能地產生中壓或高壓蒸汽，以提高經濟效益，余熱鍋爐的過熱器位置與常規鍋爐不同。常規鍋爐的過熱器布置在爐膛出口，而余熱鍋爐的過熱器大多布置在爐膛入口，這給點爐過程中如何保護過熱器使之避免過熱燒壞增加了困難。

常規鍋爐的煙氣側是負壓，煙氣側的密封比較容易，即使有少量煙氣漏泄也不會危及鍋爐的正常生產。而有些余熱鍋爐熱源側不但是高溫而且還是正壓的，這對受熱面材質的耐熱性能要求和熱源側嚴密性要求很高。雖然余熱鍋爐在有些方面的技術比常規鍋爐更復雜，但是只要熟練地掌握了每臺余熱鍋爐的原理和特點，認真細致地操作，各種困難都是可以克服的，安全生產也是可以保證的。